Кафедра "Інформаційних систем" заснована у 2002 році. З метою підвищення якості підготовки бакалаврів 6.050101 «Інформаційні технології», спеціалістів і магістрів спеціальності 7.080401 «Інформаційні управляючі системи та технології», а також фахівців вищої кваліфікації – докторів і кандидатів наук зі спеціальності 05.13.06 «Інформаційні технології», наказом ректора № 122  «Про зміни в структурі НУХТ» від 19 вересня 2002 прийнято рішення про створення кафедри Інформаційних систем. За цим рішенням кафедра інформатики у 2002 р. розділилась на дві кафедри: Інформатики й Інформаційних систем. Із створенням кафедри в університеті оформився новий науковий напрямок, пов'язаний з прикладним системним аналізом інформаційних процесів у харчовій галузі.

Стрімкий розвиток комп’ютеризації суспільства сформував необхідність здійснення адміністративного управління на підприємствах харчової галузі з використанням інформаційних технологій. Підготовку фахівців за спеціальністю «Інформаційні управляючі системи і технології» було розпочато 1996 році. У 2001 році відбувся перший випуск  спеціалістів. У 2002 році спеціальність була акредитована Міністерством освіти і науки України за третім, а згодом і найвищим – четвертим рівнем акредитації. Згідно цього рівня акредитації кафедра має право здійснювати ступеневу підготовку фахівців за освітньо-кваліфікаційними рівнями «бакалавр», «спеціаліст» та «магістр» на денну та заочну форму навчання. І весною 2002 року відбувся перший випуск магістрів спеціальності «Інформаційні управляючі системи і технології».

Виконання обов’язків завідувача кафедри з пер­ших днів її існування було покладено на доцента Ельперіна І.В, який на той час був деканом факультету Автоматизації та комп’ютерних систем. До новоствореної кафедри увійшли професори Сергій Іванович Сіренко, Володимир Якович Кондращенко, доценти Людмила Юріївна Маноха, Лариса Григорівна Загоровська, Олена Михайлівна М’якшило, Ольга Андріївна Хлобистова та інші викладачі. В 2003 році кафедру очолювали професор Володимир Якович Кондращенко і професор Сергій Іванович Сіренко. Науково-дослідна робота кафедри була спрямована на розробку методологічних підходів, алгоритмічних та програмних засобів для інформаційної підтримки рішень в системах управління харчовими підприємствами.

Кафедру з березня 2004 року і до сьогодні очолює професор Самсонов Валерій Васильович. Кафедра інформаційних систем здійснює підготовку бакалаврів за спеціальністю 122 «Комп’ютерні науки» (спеціалізація «Комп’ютерні науки»), магістрів за спеціальностями 122 «Комп’ютерні науки» (спеціалізації «Інформаційні управляючі системи та технології» та «Комп'ютерний еколого-економічний моніторинг»). Також діє аспірантура за спеціальністю 05.13.06 «Інформаційні технології» (галузь — технічні науки). Варто зазначити, що за цей період кількість викладачів кафедри зросла і у 2017 році становить 30 науково-педагогічних працівників (штатних і за сумісництвом), з яких 7 докторів наук і 17 кандидатів наук. Для організації навчального процесу – проведення лабораторних робіт, самостійної підготовки, виконання курсових, дипломних та наукових робіт студентів – використовується п'ять закріплених комп’ютерних класів. Починаючи із 2010 року, на кафедрі виконано необхідний комплекс заходів з метою підготовки до відкриття нової спеціальності «Комп’ютерний економіко-екологічний моніторинг». У 2012 році на кафедрі відбувся перший випуск магістрів за спеціальністю 8.05010105 «Комп’ютерний економіко-екологічний моніторинг».     

Фахівець з комп’ютерного економіко-екологічного моніторингу має змогу працювати у відділах комп’ютеризації харчових підприємств, комп’ютерного економіко-екологічного моніторингу, в еколого-експертних підрозділах Міністерства екології, Державної екологічної інспекції, державних управліннях екології й природних ресурсів, відділах екології на підприємствах.